Często w praktyce gospodarczej faktury zaliczkowe wystawiane są przed otrzymaniem zaliczki – na przykład kiedy nabywca płaci z kredytu bankowego i musi złożyć fakturę do banku przed dokonaniem przelewu. Nie powinno się takich faktur wystawiać – wskazane byłoby wystawienie faktury PRO-FORMA, a faktury VAT na zaliczkę po otrzymaniu płatności.
Jednak w sytuacji, kiedy faktura została wystawiona przed otrzymaniem zaliczki, obowiązek podatkowy powstanie w momencie zapłaty. Czyli nabywca ma prawo odliczyć podatek VAT z datą zapłaty zaliczki.Podstawa prawna – ustawa o podatku od towarów i usług:
art 19 pkt 11
Jeżeli przed wydaniem towaru lub wykonaniem usługi otrzymano część należności,w szczególności: przedpłatę, zaliczkę, zadatek, ratę, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą jej otrzymania w tej części
art 86
2. Kwotę podatku naliczonego stanowi:
1) suma kwot podatku określonych w fakturach otrzymanych przez podatnika:
a) z tytułu nabycia towarów i usług,
b) potwierdzających dokonanie przedpłaty (zaliczki, zadatku, raty), jeżeli wiązały się one z powstaniem obowiązku podatkowego,
c) od komitenta z tytułu dostawy towarów będącej przedmiotem umowy komisu
– z uwzględnieniem rabatów określonych w art. 29 ust. 4;

„Jak już bowiem wielokrotnie stwierdzał NSA, w przypadku gdy podatek wynika jedynie z faktury, która nie dokumentuje faktycznego zdarzenia rodzącego obowiązek podatkowy u jej wystawcy – faktura taka nie daje uprawnienia do odliczenia wykazanego w niej podatku. Dysponowanie w tym przypadku przez nabywcę fakturą wystawioną przez zbywcę stanowi jedynie formalny warunek skorzystania z tego uprawnienia, który nie stanowi per se uprawnienia do odliczenia podatku jeżeli nie towarzyszy mu spełnienie warunku w postaci zaistnienia rzeczywistej (materialnej) czynności rodzącej u wystawcy faktury obowiązek podatkowy (w tym przypadku w postaci otrzymania zaliczki). Dopiero zatem ziszczenie się tegoż warunku materialnoprawnego, który skutkuje powstaniem obowiązku podatkowego, czyli w omawianej sprawie dokonanie (otrzymanie) zaliczki, powoduje, że wystawiona wcześniej faktura może zostać uwzględniona jako dokument dający prawo do odliczenia wykazanego w niej podatku, jednak w rozliczeniu za okres nie wcześniejszy niż ziszczenia się tegoż materialnego warunku, jakim jest powstanie obowiązku podatkowego (w tej sprawie – grudzień 2006 r.). Generalną bowiem zasadą przyjętą na gruncie systemu VAT [por. art. 167 Dyrektywy 2006/112/WE, poprzednio art. 17(1) VI Dyrektywy] jest, że prawo do odliczenia podatku naliczonego przysługuje nabywcy (usługobiorcy) w okresie rozliczeniowym, w którym u dostawcy powstaje obowiązek rozliczenia podatku należnego z tytułu transakcji, która stanowi źródło powstania podatku naliczonego, według zasady: opodatkowanie (u dostawcy) – odliczenie (u nabywcy).”
Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w wyroku z 24 marca 2009 r. (I SA/Wr 1051/08) wskazał, że przedwczesne wystawienie faktury zaliczkowej nie jest zabronione, bowiem przepisy prawa określają jedynie termin końcowy jej wystawienia, tj. nie później niż 7 dnia od otrzymania zaliczki. Sąd jednak zaznaczył, że aby wykazać obowiązek podatkowy, konieczne jest, aby zaliczka została wpłaconaWystawienie faktury zaliczkowej, przed terminem, ma konsekwencje także dla usługobiorcy. Kontrahent, który otrzyma fakturę zaliczkową wystawioną przedwcześnie, nie ma prawa do odliczenia z niej podatku naliczonego.Mimo jednak, że dokument jest wystawiony wbrew zasadom wystawiania faktur, odbiorca nie jest całkowicie pozbawiony prawa do odliczenia. Przysługuje ono, jednak jest odroczone w czasie do faktycznego uiszczenia zaliczki. W wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z 18 lutego 2011 r. (I FSK 298/10) czytamy, że do uzyskania przez odbiorcę faktury zaliczkowej prawa do odliczenia podatku naliczonego nie jest istotne zachowanie typowej kolejności: zapłacenie zaliczki – otrzymanie faktury, charakterystycznej dla faktur zaliczkowych. Doprowadziłoby to bowiem do naruszenia zasady neutralności VAT. NSA w wyroku z 24 czerwca 2010 r. (I FSK 1079/09) potwierdził, że podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku z faktury zaliczkowej wystawionej przed terminem, ale nie w rozliczeniu za okres jej otrzymania, tylko za okres ziszczenia się czynności udokumentowanej tą fakturą, czyli w którym doszło do spełnienia warunku w postaci powstania obowiązku podatkowego z tytułu zapłaty zaliczki. Wynika to z art. 86 ust. 2 pkt 1 lit. b ustawy o VAT.Mówi on, że kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku określonych w fakturach otrzymanych przez podatnika, a potwierdzających dokonanie przedpłaty (zaliczki, zadatku, raty), jeżeli wiązały się one z powstaniem obowiązku podatkowego.